百済寺は湖東三山の中でも最も南に位置している。室町時代に著された寺伝『勧進帳序文』によると、推古天皇の御代に聖徳太 子の発願により創建され、百済の龍雲寺を模して堂宇がたてられ、落慶にあたっては高句麗の高僧恵慈を呪願とし、百済の高僧 道欣を導師として法要が営まれたという。平安初期、比叡山に天台宗が開創されると、当山もその影響を受け、天台仏教文化圏に包含されるようになった。天台宗になった後の寺院の規模は拡大充実し、平安末期から鎌倉・室町時代にかけての最盛期には三百余坊が甍を並べ、僧俗合わせ1000人以上の人が寺域内に住していたという。
　 室町時代の1498年(明応7年)の失火で本堂付近の堂宇が焼失。すぐ復興に向かったが6年後の1503年(文亀3年)今度は兵火に罹り、古来の諸堂の多くが焼失したが、当時はなお復興しうる勢力を保っていた。その後、当山が反織田信長の拠点鯰江城を支援したことから、信長の怒りをかい、1573年(天正元年)焼討ちをかけられ、全山灰塵に帰した。その後の復興はなかなか進まず、江戸時代に入り、権力者天海大僧正の高弟高算が入山、領主井伊直孝の援助もあり本格的な復興が進み、1650年（慶安3年)、現存する本堂、仁王門などが竣工している。