大念仏寺は大源山諸仏御念院と称し、開祖は融通念仏の創始者とされ、日本声明学の中興と言われる聖應大師(良忍上人)である。1127年(大治2年)四天王寺に留錫していた良忍の夢に聖徳太子が現れ、これより東南の杭全の里に念仏道場を建てよとのお告げがあり、杭全神社の一宇修楽寺を改修し、鳥羽上皇を本願大施主として建立したのを始まりとする。

第6世良鎮上人の代になり、跡を継承する者がなく、法脈宗宝などすべてを山城・石清水八幡宮に預け、1182年(寿永元年)に没した。1321年(元亨元年)に至り、融通念仏宗中興の祖と称される良尊法明上人が石清水八幡の霊告を受けて、法脈を継承したと伝える。

融通念仏宗の本山として大念仏寺が成立するのは江戸時代に入ってからである。1615年(慶長20年)の大坂夏の陣の兵火で堂宇はことごとく焼失したと伝わるが、当寺は元来寺地を固定しない挽道場で、1615年(元和元年)に至り、現在地に定まったと思われる。

1689年(元禄2年)以降住持となった第46世融観大通上人は、融通念仏宗再興の祖と言われ、諸堂の整備や末寺巡回を精力的に実施した。元禄7年に霊元上皇より、宗門再興の功績と徳をたたえ、紫衣を送られ、同9年には壇林及び香衣の勅許を得ている。

1872年(明治5年)融通念仏宗は天台宗所轄となったが、度重なる願書を提出した結果、同7年第53世慈嶺上人の時、融通念仏宗の独立が許可された。