南法華寺は俗に壷阪寺・壷阪観音といい、江戸時代までは坂の字を用いた。創建については、寺伝の『南法花寺古老伝』では703年(大宝3年)壺阪山で修行していた元興寺の僧弁基が、愛用の水晶の壺を坂の上の庵に納め、感得した観音像を刻んで祀ったのが始まりといわれる。その後、元正天皇の時代には祈願寺となり、南法華寺の名を賜った。

寺は平安時代に全盛期を迎え、36にも上る御堂と60以上の伽藍が造営され、『枕草子』には「寺は壷坂。笠置。法輪。霊山は釈迦仏の御住みかなるがあはれなるなり」とあり、『今昔物語集』、『古今著聞集』、『宇津保物語』などにも登場し、南大和の名所として著名であったが、南北朝や戦国の動乱に巻き込まれ、度重なる戦火で大部分が焼失し、境内には三重塔と僅かな諸坊を残すだけとなった。その後は、豊臣秀長の家来本多利久が高取城主となり、寛永(1624～44年)以降は、明治の廃藩置県まで続く藩主植村氏の庇護を受け復興していった。