西明寺は湖東三山の中で一番北に位置する。寺伝によれば834年(承和元年)、伊吹山の開山上人と伝えられる三修上人の創建と伝える。836年(承和3年)には仁明天皇の勅願寺となり、寺領が寄進され、諸堂が建築されたという。 平安時代から中世へかけての寺歴は必ずしも明らかではないが、この時代は祈願・修行道場として栄え、17の諸堂、300余の僧坊があり、数百人修行僧が居住する大寺院であったのあったといわれており、源頼朝が戦勝祈願のため来山をしたと伝える。
　 1571年(元亀2年)織田信長は比叡山延暦寺の焼き討ちを行った直後、西明寺も信長配下の丹羽長秀により焼き討ちにあった。幸いにして、奥に位置する本堂、三重塔、二天門は焼失をまぬがれたが、他の堂宇の全てが兵火を被り、この兵火の後は荒廃は著しく進んだ。
　 江戸時代に入り、寛文年間(1661～73)には彦根藩家老木俣清左衛門が部分的修繕を行い、延宝年間(1673～81年)には公海大僧正の尽力により、望月友閑に復興を命ぜられた。1681(天和元年)からは本堂・三重塔の大修理が行われ、祈願・修行道場として復興したが、旧観に復するには至らなかった。