金剛輪寺は湖東三山の真ん中に位置している。寺伝によれば創建は741年(天平13年)聖武天皇の勅願で行基菩薩によって開山されたという。後の世に「生身の御本尊」と呼ばれるようになり、篤い信仰を集めている本尊の秘仏聖観世音菩薩は、行基菩薩が一刀三礼で彫り進めたところ木肌から一筋の生血が流れ落ちたため、観音様に魂が宿った証として、粗彫りのまま本尊として祀ったと伝わる。
　 嘉祥年間(848～851年)には、比叡山より円仁(慈覚大師)が来山し、天台密教の道場として中興。中世には近江守護役佐々木氏の厚い崇敬を受け、最も盛況を呈した。鎌倉時代には現存する三重塔や本堂が建立され、木造不動明王・毘沙門天立像、四天王立像を始め、木造阿弥陀如来像、木造慈恵大師坐像（いずれも国重文）などがこの時代に造られている。
　 応仁の乱後は佐々木六角氏や京極氏など近郊諸武士の補給基地的様相を呈し、戦時には兵糧米、軍資金を強請されることが度重なり、当山も自衛のため、砦を築いている。 織田信長の焼討ちに遭ったが、幸い、本堂、三重塔、二天門などは焼失を免れ、江戸時代中期の頃も18坊の塔頭を数えていたが、明治維新の廃仏毀釈により、境内山地全てが上地に遭い、本坊明寿院一坊となった。