永源寺は1361年(康安元年)近江守護職佐々木六角氏頼が入唐求法の高僧寂室元光禅師に帰依し、領内の土地を寄進して伽藍を創 建したことに始まる。『寂室和尚行状』には、「腐敗した中央の禅風を嫌い、元光の高徳を慕って2000人余の修行僧が集い、山中には56坊の末庵を有した」と記されている。 元光の滅後も、4人の高弟らが教えを守り永源寺を受け継ぎ、大いに隆昌したが、戦国時代の相次ぐ兵火により、伽藍や山内の幾多の寺院は全て焼け落ち、以後寺運は衰退した。
　 江戸時代の1643年(寛永8年)妙心寺の僧別峰紹印禅師は、永源寺の復興のために尽力し、弟子の空子和尚も永源寺第79世として住山。彼らの懸命の働きによって、名声高き一絲文守禅師を第80世住職に迎えた。これにより後水尾天皇・東福門院和子や彦根藩主井伊家の帰依をうけて伽藍が再興、一絲文守禅師は中興開山となった。 1764年(亨保9年)出火で方丈・仏殿・開山堂が焼失。その後復興したが、1764年(明和元年)再び焼失。その復興は井伊家の支援を得て行われ、現存する建造物の多くはこの時再建されたものである。
　 明治になり一時、臨済宗東福寺派に属したが、後に永源寺派として独立。全国百有余の末寺を統轄する大本山となり、現在に至っている。