薬師寺は680年（天武天皇9年）天皇が皇后（後の持統天皇）の病気平癒を祈願して、飛鳥の藤原京に建立。718年（養老2年）平城遷都に伴い、現在地に移された。新都に移った当初の伽藍は、金堂の前に東西両塔がそびえる薬師寺伽藍配置で「竜宮のような」と称えられた。973年（天禄4年）伽藍は金堂と両塔を残して焼失。1013年(長和2年)頃にはほぼ復興を見たものの、その後も、地震・台風・火災などで幾度も大きな被害を受け、都度修復されてきたが、1528年（享禄元年）の兵火で東塔と東院堂以外は殆ど失い、金色に輝いていた薬師三尊像は黒い姿に変わってしまった。
　 昭和40年代頃から白鳳伽藍の復興の機が熟し、写経勧進によって集まった浄財で、1976年（昭和51年）金堂が復興され、1981年（昭和56年）に西塔が落慶し、以後中門、回廊、僧坊と再建は続き、平成に入り、1991年（平成3年）新たな堂宇として、玄奘三蔵院伽藍も完成、2003年（平成15年）には大講堂が落慶し、往年の伽藍はほぼ復元された。